软件简介
Fiji（Fiji Is Just ImageJ）是一款基于 ImageJ 开发的专业科学图像处理与分析软件，主要用于显微图像分析、细胞计数、荧光定量、医学影像处理及科研图像分析等领域。Fiji 是一个免费开源的 ImageJ 发行版本，集成了大量常用插件和科学图像处理工具，广泛应用于生命科学、生物医学、材料科学、神经科学、细胞生物学及高校科研等领域。
Fiji 具备强大的图像处理、定量测量与自动化分析能力，支持图像裁剪、灰度转换、亮度与对比度调整、图像滤波、阈值分割、边缘检测、颗粒分析以及细胞计数等功能。用户可以通过软件对显微镜图像、荧光图像、组织切片及实验照片进行处理，实现细胞面积测量、荧光强度统计、Western Blot 条带灰度分析、细胞核计数及组织形态分析等科研需求。
相比基础版 ImageJ，Fiji 预装了更加丰富的图像分析插件与扩展工具，包括 Bio-Formats、TrackMate、Trainable Weka Segmentation 等常用插件，可用于显微图像格式读取、细胞与颗粒追踪、机器学习辅助图像分割以及多维图像分析。此外，Fiji 支持三维图像重建、时间序列分析、图像配准和多通道荧光图像处理，能够满足复杂科研实验的数据分析需求。
